Construída entre 1742 e 1746, a antiga Matriz foi um exemplo clássico da arte sacra barroca. Estava localizada nas proximidades do local onde o fundador Braz Cubas levantou a primeira igreja da Misericórdia, e onde fora sepultado, quando do seu falecimento, em 10 de março de 1592. A cerimônia de benção da Matriz ocorreu oito anos após o término de sua construção, em 1746, pelas mãos do vigário de Santos à época, padre Faustino Xavier Prado.
Por 154 anos, a velha Matriz foi o baluarte da fé católica santista, tendo recebido grandes personalidades da história brasileira que aqui vieram, como, por exemplo, o príncipe regente D.Pedro I, que lá assistiu missa quando da sua passagem por Santos às vésperas do Grito da Independência, e seu filho, D.Pedro II, que lá esteve com sua família (inclusive a princesa Isabel) em 1885.
A antiga Matriz, considerada por muitos historiadores como a primeira que Santos teve para esta finalidade (ser a igreja central), tinha ao todo sete altares – o maior sob a invocação de Nossa Senhora do Rosário dos Brancos -, além de uma capela consagrada ao Santíssimo Sacramento, no altar onde ficava o Sacrário. Contava igualmente com irmandades e confrarias, com obrigações e compromissos, e inclusive uma irmandade dos pretos e outra dos pardos, ambas sem compromissos. Na sua pia batismal grandes nomes santistas foram batizados, como todos os irmãos Andradas.
DESTINO SELADO
Nos primeiros anos do século XX, a velha Matriz apresentava estado lastimável de conservação. Muitos atribuíram essa condição ao latente desinteresse dos seus últimos vigários administradores. Independente do ônus da responsabilidade, o prédio barroco realmente estava enfraquecido. A ameaça de desabamentos era iminente. As autoridades santistas ficaram entre a cruz e a espada: demolir ou recuperar? O certo é que, depois de vistoriada por um engenheiro enviado pela Câmara Municipal, em fevereiro de 1906, constatou-se que a Matriz não tinha mais jeito e foi condenada em laudo técnico.
Depois de muita discussão, foi aprovada pela Câmara Municipal de Santos, em 2 de janeiro de 1908, Lei específica de desapropiação do imóvel secular. A demolição iniciou tão logo a referida Lei fora promulgada e sansionada. A matriz veio totalmente abaixo em dezembro daquele mesmo ano. A justificativa maior para sua condenação era a de que a velha Matriz não possuía mais condições para comportar grande número de fiéis durante as cerimônias religiosas. Assim, ficou resolvido que a igreja, verdadeira joia do barroco, deveria desaparecer para que a Praça da República pudesse ser ampliada. Um verdadeiro crime contra a memória da cidade e do país.