Construído entre 1886 e 1887, a mando do comerciante Domênico Levreiro, que adquiriu o terreno do tenente-coronel Francisco Martins dos Santos e sua esposa Josefina Olímpia de Aguiar Martins (através da escritura pública lavrada em 28 de março de 1886 e transcrita em 19 de junho do mesmo ano), o casarão hoje ocupado pelo Instituto Histórico e Geográfico de Santos foi erguido para se tornar uma sede de chácara, e ficava distante quatro quilômetros da cidade de Santos, nas cercanias do sítio conhecido como Praia da Barra. Levreiro fora vice-cônsul e cônsul da Itália em Santos, além de presidente da Sociedade Italiana de Beneficência e diretor da FerroCarril Santista, empresa de bondes que pertenceu ao também italiano, João Éboli.
No local, quando da aquisição, havia uma pequena edificação térrea, quase em ruínas, que Domenico Levreiro nada aproveitou, preferindo construir nova moradia de porão alto, seguido de um pavimento e incluindo um terraço junto à cobertura. Construção realizada dentro de um cronograma de obras relativamente curto, ela teve início no segundo semestre de 1886, e foi concluída no primeiro trimestre do ano seguinte, perfazendo um total de quase oito meses. Essa rapidez a torna, reconhecidamente, uma obra rápida, considerando que a técnica construtiva empregada, em alvenaria de tijolos e pedra, ainda se vinculava a um saber fazer tradicional.
O terreno, segundo documentação da época, possuía 33 metros de frente para a Rua Otaviano, atual Conselheiro Nébias, dividido do lado da cidade, com terrenos do Major Gabriel da Silva Oliveira e do outro, com terrenos de Manoel Barbosa da Silveira e nos fundos, com o antigo caminho da Barra, atual Rua Oswaldo Cruz.
Pouco tempo Levreiro teve para desfrutar da sua nova residência. Passado um ano da finalização das obras, o imóvel foi vendido para Francisco Frisoni, residente em Gênova, segundo atesta a escritura de posse em 11 de outubro de 1888. Durante esse período não foi possível encontrar informações acerca de reformas expressivas no arcabouço da construção, que em caso de ocorrência certamente ficaram limitadas a pequenas obras de manutenção.
Em 1903, a propriedade trocou de mãos e passou a ser propriedade do major Álvaro Ramos Fontes, responsável pela primeira grande reforma no casarão principal, dotando-o de várias janelas no entorno. Fontes, que era superintendente da Companhia Docas de Santos, entre 1894 e 1919, chegou a morar no local por trinta anos. Em reportagens do passado, sua residência foi descrita como “um sobrado simples, com telhado chato e beirais estreitos, entrada por escadas de pedra ao ar livre, comunicantes por dois lados para a porta de entrada, entre duas janelas rasgadas na fachada, com mais três acima”. Com o avanço da cidade, este casarão ficou em posição privilegiada, longe do alinhamento viário, ao contrário de suas vizinhas.
Durante o período em que lá viveu, Fontes demoliu a casa térrea dos fundos, eliminou o terraço da fachada frontal, que recebeu assoalho e nova cobertura, e promoveu um significativo aumento de área construída através do acréscimo de mais cômodos dentro da casa. Ampliação incorreu na profunda alteração das feições externas com a inclusão de doze novas envasaduras – três na frente, quatro em cada lado e uma na parte posterior.
Em 1912, ocorrera a última reforma promovida pelo Major Fontes, com a transferência da cozinha do térreo para o 1° pavimento, visando garantir maior comodidade aos moradores. Nessa data houve também a mudança no emplacamento do im��vel, através da alteração da antiga numeração, primeiramente tida como 11.229, posteriormente modificado para “373” e a última para o atual nº 689.
Álvaro Ramos Fontes faleceu em 27 de fevereiro de 1928, deixando o bem como herança para dois de seus sete filhos (Corina Fontes e Ruth Fontes). Nenhuma delas, contudo, quis mudar-se para o casarão e ele foi posto para locação comercial. O primeiro inquilino foi a seção de Santos do Clube Zoológico do Brasil. Logo depois, em 1937, Francisco Martins dos Santos, que morava ao lado do casarão, já trabalhando para criar na cidade o Instituto Histórico e Geográfico de Santos, recomendou aos seus companheiros da futura agremiação cultural, que ocupassem o imóvel. E, assim, em acordo com as filhas do major Álvaro Fontes, os fundadores do IHGS celebraram um contrato de cinco anos, para ser iniciado no ano seguinte (o Instituto Histórico e Geográfico de Santos foi criado em 19 de janeiro de 1938).
Em 1943, com o fim do contrato, os proprietários resolveram colocar à venda o casarão e ofereceram primeiramente ao Instituto Histórico. Porém, a instituição não dispunha dos fundos necessários para a aquisição (cotada em Cr$ 60 mil – cruzeiros – equivalente a R$ 600 mil nos dias de hoje) e resolveu pedir ajuda ao empresário santista Valentim Fernandes Bouças, figura respeitadíssima no cenário da economia nacional, uma espécie de braço direito do presidente Getúlio Vargas nas questões econômicas do país. Bouças não pensou duas vezes e deu ao IHGS o recurso necessário para a aquisição do imóvel, que acabou sendo escriturado em cartório em 28 de maio de 1946.
A partir da sua posse definitiva, o Instituto Histórico promoveu poucas intervenções no imóvel, sendo a mais significativa em 1962, quando, para atender novas necessidades, resolveu-se demolir uma parede no primeiro piso, que separava a antiga sala de jantar de um quarto contíguo, para se tornar o auditório/sala de reuniões; e a do embasamento, para a criação de um salão de exposições. Esta reforma foi acompanhada da retirada de todo o assoalho original encabeirado, composto por tabuado policromado, para redimensionamento dos barrotes. O novo assoalho não foi feito em conformidade com o anterior. As envasaduras do porão também sofreram mudanças com a substituição da antiga porta de ferro de acesso externo da sala de jantar por janela de madeira. O mesmo ocorreu em outros ambientes desse local, não condizentes com o modelo antigo.
Nos anos 1990, a diretoria procurou resolver uma questão crítica dos telhados, infestados de cupins. A solução encontrada na época, ainda que considerada provisória, não foi pelo restauro, mas por construir um novo telhado por cima da área crítica. Para isso, elevaram colunas nas faces laterais do edifício para justamente com a finalidade de garantir a sustentação de uma estrutura metálica onde seria instalado um telhado revestido com fibrocimento sobre a cobertura original, criando uma proteção ao frágil edifício. Os cupins também danificaram algumas esquadrias, venezianas e janelas originais de madeira, que acabaram sendo trocadas por peças de alumínio. Nesta mesma época, a instituição ergueu, colado à parte posterior do prédio, um pequeno anexo, onde instalou uma área para eventos dotada de salão, copa/cozinha e banheiros.
Em mais de oitenta anos de atividade o IHGS manteve uma atuação forte no expediente interno da instituição e no atendimento de pesquisadores e estudantes de toda a cidade, notadamente por meio de sua rica biblioteca, que contém importantes obras de referência ligadas, sobretudo, à história nacional. Acervo que se coadunam às inúmeras fotografias antigas, quadros e outros objetos de arte obtidos através de doações, desde sua fundação. A partir do novo milênio, o IHGS procurou se encaixar na realidade tecnológica e vem buscando adaptar seu espaço para se tornar o Museu Histórico de Santos, com conceito de exposições baseadas num misto de acervo físico e tecnologia.